Lembaga yang melaksanakan Urusan Pemerintahan di Bidang Kesatuan Bangsa dan Politik di Kabupaten Kulon Progo dilihat sejarah perkembangannya dapat diketahui dari dasar pembentukan lembaganya, yaitu Undang-Undang tentang Pemerintahan Daerah. Pada masa Orde Baru dikeluarkan ketentuan yang mengatur tentang Pemerintahan Daerah yaitu Undang-Undang Nomor 05 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Pemerintahan di Daerah. Di daerah dibentuk instansi vertikal yang menyelenggarakan urusan dekonsentrasi di bidang politik yaitu Kantor Sosial dan Politik.

Pada masa Orde Reformasi keluarlah Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah dan peraturan pelaksanaannya, dibentuk lembaga Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat (Kesbanglinmas), yang merupakan gabungan dari lembaga sebelumnya, yaitu Kantor Sosial Politik dan Kantor Mawil Hansip.

Selanjutnya dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah dan peraturan pelaksanaannya, dibentuk lembaga yang menangani urusan pemerintahan di bidang kesatuan bangsa dan politik serta perlindungan masyarakat, yaitu lembaga yang nomenklaturnya masih sama, Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat (Kesbanglinmas).

Dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan peraturan pelaksanaan lainnya, maka perangkat daerah Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat (Kesbanglinmas) berubah menjadi Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik. Lembaga ini efektif berlaku pada awal tahun 2017. Fungsi Perlindungan Masyarakat dialihkan ke Kantor Satuan Polisi Pamongpraja.

Pada tahun 2019, keluarlah Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 03 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 14 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, dimana kelembagaan Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik berubah menjadi Badan Kesatuan Bangsa dan Politik. Lembaga ini efektif berlaku awal tahun 2020.

Dengan adanya kebijakan dari Pemerintah terkait penyederhanaan birokrasi, maka kelembagaan perangkat daerah Kabupaten Kulon Progo mengalami perubahan, termasuk kelembagaan Badan Kesatuan Bangsa dan Politik. Kelembagaan perangkat daerah berubah dengan ditetapkannya Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 12 Tahun 2021 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 14 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah.

Adapun kepala Kantor atau Badan yang menangani urusan pemerintahan di bidang kesatuan bangsa dan politik, sejak akhir pelaksanaan Undang-Undang Nomor 05 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Pemerintahan di Daerah sampai dengan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah, adalah sebagai berikut:

1. Letkol Inf. M. AFNAN ZAMHARI, BA (Kepala Kantor Sosial Politik periode tahun 2000 s/d 2001).
2. DJUWARDI (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat periode tahun 2001 s/d 2007)
3. HARY SANTOSA (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat periode tahun 2007 s/d 2009)
4. RIYADI SUNARTO (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat periode tahun 2009 s/d 2011)
5. SUWARNA, M.Si (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat periode tahun 2011 s/d 2013)
6. ANANG SUHARSA (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat periode tahun 2013 s/d 2016)
7. TRI WAHYUDI, SIP, MM (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik periode tahun 2017 s/d 2018)
8. BUDI HARTONO, S.Si, M.Si (Kepala Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik periode tahun 2018 s/d 2019)
9. BUDI HARTONO, S.Si, M.Si (Kepala Badan  Kesatuan Bangsa dan Politik periode tahun 2020 s/d sekarang)